Quantifizierung und Visualisierung von Peptiden in LC-MS Daten

Dieses Buch behandelt die quantitative Auswertung und Visualisierung massenspektrometrischer Messdaten. F r die Visualisierung dieser Daten wurden mehrere Darstellungsvarianten entwickelt, darunter befindet sich die M glichkeit zur zweidimensionalen und dreidimensionalen Darstellung. Bei der Verarbeitung der Signale in den Messdaten wurden verschiedene Methoden entwickelt, welche im Zusammenspiel einen Datensatz verarbeiten k nnen. Von der Kandidatensuche ber die Peakerkennung bis hin zur Quantifizierung der Peptide wurden geeignete Verfahren erarbeitet und implementiert. Zur Peptiderkennung wurde ein mathematisches Isotopenmodell entwickelt, um diese eindeutig klassifizieren zu k nnen. Dadurch kann die Masse und der Ladungszustand von Peptiden, selbst bei geringen Intensit ten auf Rauschniveau, noch sicher erkannt werden. Des Weiteren wurde ein Verfahren zur Kompensation des Totzeiteffektes des Detektors ermittelt, wodurch bereits verlorene Informationen ber die Signalintensit t zur ckgewonnen werden k nnen. Dadurch ergibt sich eine exakte Quantifizierung und die M glichkeit der Depletion von bereits gefundenen Peptidsignalen.